Muzeum realizuje swoje zadania statutowe poprzez gromadzenie, przechowywanie, konserwację i udostępnianie dóbr kultury w zakresie dziejów dawnego warzelnictwa i górnictwa solnego oraz miast Wieliczki i Bochni, techniki górniczej, geologii złóż soli, sztuki i etnografii. Oprócz stałej ekspozycji w kopalni posiada drugą: w średniowiecznym Zamku Żupnym – historycznej siedzibie zarządu kopalni. Na dziedzińcu zamkowym znajduje się najstarszy w Wieliczce szyb poszukiwawczy z połowy XIII w., baszta z XIV w. oraz fragmenty murów obronnych z XIV w.

Zamek Żupny został dopisany do listy UNESCO wraz z kopalniami soli Bochni i Wieliczki, tworząc nowy wpis „Królewskie kopalnie soli w Wieliczce i Bochni”

Muzeum jest organizatorem wielu imprez i warsztatów plenerowych np. Święta Soli